国务院总理李克强在十二届全国人大五次会议上作政府工作报告时提出：“落实科研经费和项目管理制度改革，让科研人员不再为杂事琐事分心劳神。”为此，全国人大代表、中国社会科学院学部委员、马克思主义研究院院长程恩富向十二届全国人大五次会议提交了一份名为《关于落实科研经费和项目管理制度改革的建议》（以下简称“《建议》”）的建议。
3月13日，程恩富向澎湃新闻表示，科研经费管理制度应体现以人为本，建立科研经费激励机制，增加经费使用自主权，提高科研人员劳务费用比例，充分发挥科研人员的主观能动性。
程恩富在《建议》中指出，科研工作是一项高智力活动，科技成果是科研人员的劳动成果，财政经费支持的科研项目，本质上也是政府对科研成果的订购，必须充分体现科研人员的劳动价值，贯彻按劳分配和等价有偿的基本原则。
程恩富指出，我国现行的科研管理政策如国家科技计划项目预算申报时，既要求科研人员编制严格、当年预算详细，还要准确预测明年、后年甚至5年内的科研活动和科研经费支出情况；科研主管部门又往往僵化地执行预算，规定了复杂的预算调整流程和诸多限制条件，科研人员难以根据科研活动的需求及时、灵活地调整预算。
针对现行的科研管理政策过于严格、繁琐的现象，程恩富表示科研是一种创新活动，具有不可预测性、探索性和未知性，因而科研经费的使用也具有高度不确定性，难以准确预测。科研制度应具有人性化和可操作性，让科研人员能够依据科学活动的要求使用科研经费，增加其经费使用自主权。
对此，程恩富建议，国家应将目前实行的凭发票报销差旅费的制度，向“包干”的方式转变，根据科研人员实际参与科研工作量，按月支付，由其自由用于交通、就餐等。这不仅可以大大减少管理核算成本，也可以遏制假票泛滥的现象。
2016年7月19日，《科技日报》发表对我国青年科研人员生存状态研究的调查新闻显示，仅12.84%的青年科研工作者每周工作时间不多于40小时，刚刚符合《劳动法》的规定；而多达58.39%的青年科研工作者平均每周工作时间超过50小时。
对此，程恩富表示，科研人员完成国家科研项目，需要付出大量的脑力劳动和体力劳动。他建议，对于已完成本单位规定工作量，又担任各类纵向和横向项目的科研人员，为贯彻按劳分配和保障科研积极性，应该把科研项目经费中用于劳务支出的比例提高到50%及其以上，保障科研劳动者的劳动付出。
同时，高校、科研院所财务人员应强化服务意识，简化手续，服务科研。设立科研项目组评价、投诉指标体系，作为组织人事部门及财务部门考核、任免有关人员的主要依据。还应取消项目管理单位的管理费。